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Le comprimé est à peine avalé depuis trois jours que le ventre proteste : gargouillis, selles molles, allers-retours pressés. Vous soignez une angine ou une infection urinaire, et c’est l’intestin qui encaisse. Cette diarrhée associée aux antibiotiques n’a rien d’exceptionnel : elle désigne des selles liquides qui apparaissent pendant le traitement ou jusqu’à deux mois après son arrêt, parce que le médicament bouscule l’écosystème bactérien de votre tube digestif.
Une étude publiée dans Nature vient d’y ajouter un suspect inattendu, le sucre de l’assiette, et rappelle que ce que vous mangez pendant le traitement compte aussi. Alors, comment traverser une cure d’antibiotiques sans y laisser votre confort, et à partir de quand faut-il s’inquiéter ?
Pourquoi les antibiotiques dérangent autant le ventre
Un antibiotique ne fait pas le tri entre la bactérie qui vous rend malade et celles qui vivent paisiblement dans votre côlon. En éliminant une partie de ces résidentes, il ouvre de la place aux espèces opportunistes et perturbe la fermentation des fibres, ce qui suffit souvent à rendre les selles plus liquides. Selon une synthèse publiée par le Vidal, ce trouble concerne de 5 à 25 % des patients traités, le plus souvent sous une forme légère qui disparaît quelques jours après la dernière prise.
Le phénomène touche beaucoup de monde, car la France reste une grosse consommatrice. Santé publique France a compté plus de 860 prescriptions pour 1 000 habitants en ville en 2024, soit une hausse de 4,8 % en un an. Dans 10 à 20 % des cas de diarrhée liée aux antibiotiques, une bactérie plus agressive est en cause, Clostridioides difficile, la bactérie opportuniste qui profite du vide laissé dans la flore. Et c’est justement là qu’intervient la nouvelle piste alimentaire.
Le sucre, un accélérateur inattendu des dégâts
Des chercheurs de NYU Langone Health, de City of Hope et du Memorial Sloan Kettering ont suivi 173 patients hospitalisés pour un cancer du sang, en notant le contenu de 9 419 repas et l’évolution quotidienne de leur microbiote. Leur constat, publié le 30 septembre 2026 : chaque tranche de 100 g de sucre consommée dans les 48 heures précédant le traitement s’accompagnait d’une baisse supplémentaire de 21 % de la diversité bactérienne.
Le régime sucré favorisait aussi la prolifération d’Enterococcus faecium, une espèce associée à des infections difficiles à traiter. Chez la souris, l’association d’un antibiotique et de saccharose a multiplié cette population par 33,4 en six jours, contre 16,3 au troisième jour.
Alors que nous découvrons comment les dommages collatéraux des antibiotiques sur le microbiote sont liés à des problèmes de santé à long terme, il est important d’identifier les facteurs qui limitent ces risques involontaires. Notre étude, qui s’appuie sur plus de 9 000 repas enregistrés, suggère que modifier l’alimentation pendant et après les antibiotiques, en particulier en réduisant les sucreries, pourrait y contribuer.
Jonas Schluter, professeur adjoint au département de microbiologie de NYU Langone et co-auteur principal de l’étude, communiqué de NYU Langone Health du 30 septembre 2026
Prudence sur la portée de ces résultats : les patients étudiés recevaient des traitements lourds, et l’étude montre une association, pas un mécanisme démontré chez l’humain. Les auteurs réclament eux-mêmes des essais cliniques avant toute recommandation, mais la piste a le mérite de toucher un levier que chacun peut actionner dès le prochain repas.
Ce qui soulage pendant le traitement
Quand le transit s’emballe, quelques gestes simples limitent l’inconfort et protègent surtout contre la déshydratation, premier risque d’une diarrhée qui s’installe :
- boire par petites gorgées tout au long de la journée, avec un soluté de réhydratation orale en pharmacie si les selles sont nombreuses ;
- privilégier des aliments faciles à digérer, comme le riz, les carottes cuites, la banane ou la compote ;
- alléger temporairement les sucres simples, en gardant en tête la limite de 10 % des apports énergétiques fixée par l’OMS ;
- fractionner les repas en petites portions plutôt que deux gros repas ;
- prendre l’antibiotique aux horaires prescrits, sans raccourcir la cure de vous-même.
Ces mesures n’accélèrent pas la guérison de la flore, mais elles rendent la période plus supportable. Leur efficacité tient à la régularité : boire souvent et en petites quantités vaut mieux qu’une bouteille avalée d’un trait le soir.
Les probiotiques, une aide qui dépend de la souche
Le rayon des probiotiques promet beaucoup, et la science en confirme une partie. Une revue Cochrane de 2019, portant sur 33 études et 6 352 enfants, a observé une diarrhée chez 8 % des enfants sous probiotiques contre 19 % dans les groupes témoins, avec un niveau de preuve jugé modéré pour les fortes doses.
Deux souches se détachent, Lactobacillus rhamnosus et Saccharomyces boulardii, à des doses de 5 à 40 milliards d’unités formant colonie par jour. Le bénéfice ne s’étend pas à tout : le Vidal rappelle que les probiotiques n’ont pas fait leurs preuves pour éviter les rechutes d’infection à Clostridioides difficile. Votre pharmacien peut vous orienter vers une souche documentée plutôt qu’un mélange au marketing flatteur.
Les réflexes à éviter
Le premier réflexe, attraper un ralentisseur du transit dans l’armoire à pharmacie, est justement celui que les spécialistes déconseillent. Le Vidal recommande d’éviter les antidiarrhéiques qui freinent le transit dans toutes les diarrhées liées aux antibiotiques, car ils peuvent retenir les toxines bactériennes dans l’intestin.
Arrêter l’antibiotique de votre propre chef n’est pas plus judicieux : l’infection de départ risque de repartir, et c’est au médecin de juger s’il faut changer de molécule ou adapter la durée. Les céphalosporines, les fluoroquinolones et la clindamycine figurent parmi les familles les plus souvent associées aux formes à Clostridioides difficile, ce qui mérite d’être signalé si vous avez déjà eu des soucis.
Reste le grignotage sucré, souvent réconfortant quand on est malade. À la lumière de l’étude new-yorkaise, mieux vaut réserver biscuits et sodas pour plus tard et laisser à la flore une chance de se reconstruire, ce qui pose la question des signaux qui ne doivent pas attendre.
Les signaux qui imposent de consulter
La plupart des diarrhées sous antibiotiques restent bénignes, mais certains symptômes, listés par le Vidal, réclament un avis médical sans attendre la fin de la cure :
- des douleurs abdominales marquées ou des crampes qui s’intensifient ;
- du sang ou des glaires dans les selles ;
- une fièvre élevée associée à la diarrhée ;
- une diarrhée qui persiste ou apparaît dans les deux mois suivant le traitement ;
- un terrain fragile, comme un grand âge, une grossesse ou une maladie chronique.
Ces signes peuvent trahir une colite à Clostridioides difficile, une forme rare mais sérieuse, responsable selon le Vidal de 300 à 400 décès par an en France. Un simple test de selles suffit souvent à poser le diagnostic.
Mentionnez toujours au médecin l’antibiotique pris récemment, même s’il date de plusieurs semaines : ce détail oriente immédiatement le diagnostic et évite des examens inutiles.
Un traitement qui se prépare aussi dans l’assiette
L’étude de NYU Langone ouvre une perspective concrète : si le sucre amplifie vraiment les dégâts, quelques jours d’alimentation plus sobre pourraient un jour accompagner chaque ordonnance, au même titre que la consigne de bien boire. Après la cure, remettre progressivement des fibres nourrit les bactéries qui repeuplent ce microbiote intestinal fragilisé.
La meilleure protection reste encore de ne prendre un antibiotique que lorsqu’il est utile. La stratégie nationale vise 650 prescriptions pour 1 000 habitants d’ici 2027, loin des 860 actuelles, et chaque cure évitée épargne à votre ventre un chantier de reconstruction.